Если вы разделяете ресурсы только в общей базе данных, вы можете использовать ее гарантии изоляции транзакций, чтобы остановить другие процессы, видящие неполные данные.
Это означает, что вам нужно либо выполнить атомарную операцию в SQL (один оператор), либо использовать транзакцию.
В любом случае это означает, что вам нужно использовать транзакционный механизм в MySQL (возможно, InnoDB), а ваше приложение должно знать и правильно обрабатывать взаимоблокировки.