Вы очищаете swfUrlArray ВНУТРИ цикла for. Таким образом, он только разгрузит AndStop и обнаружит, что длина массива равна 0, и остановится.
Модифицированный код:
for(var i=0; i < swfUrlArray.length; i++) {
if(swfModules[swfUrlArray[i]] != null) {
swfModules[swfUrlArray[i]].unloadAndStop();
removeChild(swfModules[swfUrlArray[i]]);
}
}
swfUrlArray=[];
И сделайте то, что @alxx говорит об удалении ссылки swf из словаря.