Это можно сделать. Вам нужно, чтобы ваш загрузчик EXE запустил предварительную версию SQL Server с пользовательской командной строкой, которая содержит файл конфигурации или соответствующие параметры командной строки для установки без вывода сообщений.
Проекты установки Visual Studio не поддерживают создание пользовательских предварительных условий. Однако это можно сделать, вручную создав необходимые манифесты.
Вы можете найти структуру манифестов здесь: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms229223(VS.80).aspx
Эти манифесты могут генерироваться автоматически с помощью инструмента Bootstrapper Manifest Generator *1009*.
После создания манифестов пакета вы можете добавить все эти файлы (включая пакет) в отдельную папку в папке предварительных требований Visual Studio, например:
C:\Program Files\Microsoft SDKs\Windows\v7.0A\Bootstrapper\Packages
Затем вы можете выбрать пользовательскую предпосылку на странице свойств вашего проекта установки.