Левое внешнее соединение от старой таблицы к новой таблице.
Добавить к вашему запросу "order by" ", когда new_table.id имеет значение null, а затем 1 else 0 end"
Так что, если у вас было это:
select foo, bar from old_table
order by bar, foo;
У вас будет это:
select a.foo, a.bar from old_table a
left join new table b on (a.customer_id = b.customer_id)
order by
case when new_table.customer_id is null then 1 else 0 end,
bar, foo;
Редактировать: я пропустил "left" из внешнего соединения в коде.