Плоский файл - самая быстрая форма настойчивости. Период. Там нет форматирования, кодирования, индексации, блокировки или чего-либо еще.
JSON (и YAML) накладывают некоторые накладные расходы. Они будут медленнее. Там должно быть какое-то форматирование.
XML накладывает больше накладных расходов, чем JSON / YAML. Это будет еще медленнее. Существует достаточное количество форматирования, которое должно быть сделано.
Чем больше накладных расходов, тем медленнее будет.
Ни один из них не имеет никакого отношения к очистке ввода комментариев, чтобы он отображался как действительный HTML. Вы должны использовать cgi.escape для экранирования любых HTML-подобных последовательностей символов в комментарии перед сохранением текста в файл.