Каждый инструмент установки может хранить отдельный индекс того, какие пакеты он знает о / установил.Все, что беспокоит Python - это то, что файлы на месте.В общем, если вы думаете, что он мог быть установлен с определенным инструментом, вам нужно будет спросить его.
Для apt / dpkg вы можете проверить, есть ли пакет в списке dpkg -l.Я не знаю, насколько легко доступен индекс pip, но вы можете просто попробовать запустить pip uninstall package-name, он должен жаловаться, если не установил пакет.Я не знаю насчет PyPM, но если вы установили из исходного кода или с помощью easy_install, вам просто нужно отследить и удалить файлы, пакет нигде не указан.