Обычно я пишу функцию, которая выполняет запрос с использованием SQL, а затем помещает результаты либо в список, либо в словарь (в Java я бы использовал ArrayList или HashMap).
Если бы я часто этим занимался, я бы, вероятно, создал новый файл для хранения всех этих запросов. В противном случае я бы просто сделал их функциями в любом файле, в котором они были нужны / использованы.
Поскольку мы говорим конкретно о Java, я бы, конечно, не создавал новый класс в отдельном файле. Однако для запросов, необходимых только в одном классе, вы можете создать закрытый статический внутренний класс, содержащий только те функции, которые необходимы для генерации запроса (запросов), необходимого для этого класса.