SELECT count(sfoa.city) as count_of_city, sfoa.city
FROM sales_flat_order as sfo
LEFT JOIN sales_flat_order_address as sfoa ON sfo.entity_id=sfoa.parent_id
WHERE sfoa.address_type="shipping"
GROUP BY sfoa.city;
Это то, что вы ищете (разработано для magento 1.5)?
РЕДАКТИРОВАТЬ Необходимо иметь фильтр для типа адреса, так как каждый заказ будет иметь выставление счетов и доставкуадрес.