В настоящее время я удаляю 9 миллионов строк таблицы с приращением 11 миллионов на 200 000 строк за цикл.
Нужно ли мне вручную перестраивать таблицу и индексы или это происходит автоматически после каждого удаления?
Да, вам нужно вручную перестроить таблицу, вы можете сделать это так:
ALTER TABLE database.table ENGINE=InnoDB;