Убедитесь, что вы ссылаетесь на System.Linq
например. using System.Linq
Тогда user.Id должен иметь тип long. Вы заявили в комментариях, что это долго? потому что вы полагали, что именно так вам нужно было использовать первичный ключ. Решение состоит в том, чтобы использовать long и использовать параметры идентификатора автогенерации структуры сущностей.
В качестве альтернативы, более общий случай, когда не первичные ключи могут иметь значение NULL, будет использовать опцию contains с оператором value или default.
users.Where(user=>ids.Contains(user.id??0));