Оба великолепны, и вы не можете сделать плохой выбор. Imho.
На Quora есть хорошая ветка на эту тему с ответом от автора Ember.js Иегуда Каца: http://www.quora.com/What-are-the-key-differences-between-Ember-js-formerly-SproutCore-2-0-and-Backbone-js
Цитата из ветки (Остин Бейлс)
Множество различий между ними сводится к следующему: SC2 / Ember заранее принял несколько решений относительно инструментов и рабочих процессов, которые вы будете использовать. У Backbone очень мало мнений по поводу шаблонов, рендеринга, иерархии и KVO / Binding - в Backbone почти всегда есть «Больше, чем один способ сделать это» и почти никогда не предопределенный способ. Напротив, Ember предоставляет немного больше инфраструктуры и стандартных настроек из коробки.
Тот факт, что Ember.js является самоуверенным, - это, вероятно, хорошая вещь в долгосрочной перспективе, я бы сказал. Это такая же философия, как и у рельсов, где они часто делают выбор за вас.
Я действительно должен сделать этот выбор и на работе. Я попытался немного поработать с обоими, и я должен сказать, что я чувствую себя более комфортно с Backbone, но это действительно не очень информированное мнение;)
пс: проверьте это: http://addyosmani.github.com/todomvc/
Это приложение todo, реализованное со всеми популярными фреймворками. Это может помочь вам сравнить два.
edit: С тех пор, как я написал этот ответ, я пытался выучить Эмбер, и мне действительно это нравится. Вот УДИВИТЕЛЬНЫЙ блог о ember, все очень хорошо объяснено, ясно, подробно: http://darthdeus.github.com/.
В идеале вы бы освоили оба, так как я чувствую, что у них сейчас разные варианты использования.