Я разрабатываю продукт на базе Eclipse для Mac и Windows (не пробовал Linux).
Решение, которое я нашел наилучшим решением, - это на самом деле пойти и вручную проверить проекты в рабочей области на каждой машине непосредственно из системы контроля версий. В то время как структура проекта конвертируется между платформами, любые присоединения, такие как управление версиями, не делают. Я не уверен почему, но я предполагаю, что у каждой вещи есть свои изгибы.
Возможно, вам удастся немного ускорить процесс создания рабочего набора проекта (или как он называется, я думаю, что это файл PSF) для платформы, а затем повторно использовать его на всех платформах.
Другая проблема заключается в том, что версии Eclipse не на 100% совместимы. Одна из проблем, с которыми я сталкиваюсь, связана с файлами манифеста для плагинов, которые имеют различную семантику (например, что делать с экспортированными пакетами, которые на самом деле не существуют) на каждой платформе, вызывая головную боль.
Наконец, учтите, что Java на Mac и ПК не идентичны. На самом деле, у Eclipse есть две версии для Mac. Я обычно заканчиваю тем, что запускаю и компилирую на Java 5 на Mac, который имеет некоторые несовместимости с Java 6.