Вы можете попробовать что-то вроде следующего:
$("form.valid").validate({
errorLabelContainer: "div.messages",
errorElement: "div class='system error'",
meta: "validate",
onkeyup: false,
onclick: false
});
В терминах исчезновения сообщения вы можете использовать любой тайм-аут по вашему желанию (скажем, 1 секунда) и затем вызвать пустой метод jQuery.
setTimeout(function () { $("div.messages").empty() }, 1000)