Захватите форму отправки.
$('#idOfMyForm').submit(function(){
Создайте функцию тайм-аута для удаления модального окна.
//2000 represents 2 seconds
setTimeout("$('#myModalWindow').remove()", 2000 );
Все вместе сейчас.
$('#idOfMyForm').submit(function(){
//2000 represents 2 seconds
setTimeout("$('#myModalWindow').remove()", 2000 );
});
Должно заставить вас двигаться в правильном направлении.