из-за того, что доставка ввода работает в X11, этого не может быть: у окна X11 должен быть фокус, чтобы получать входные события - другими словами: события доставляются только в сфокусированное окно.
метод ввода и поддержка специальных возможностей в GTK +, например, опираются на инструментарий, отправляющий и получающий данные в и из другого процесса через определенный API (IM и ATK, соответственно). все виртуальные клавиатуры в GNOME используют любые методы для обработки событий ввода.
на чистом X11 вы можете использовать API расширения XTest для отправки событий с виртуальной клавиатуры в приложение, которое ее вызвало.