Одной из самых игнорируемых проблем является то, что многие файловые системы используют двоичные деревья для управления списками каталогов. Они редко используют простое двоичное дерево, но некоторые вариации, такие как B-дерево. Это связано с тем, что вопрос хранения дерева на диске очень важен для деталей реализации. Причина, по которой они используют такую структуру, заключается в эффективности и скорости. Это позволяет им делать такие вещи, как поддержка тысяч файлов в каталоге. Сравнения времени создания и удаления файлов подчеркивают эффективность этого аспекта файловой системы.
Двоичные деревья также используются во многих играх, которые визуализируют трехмерные объекты. Опять же, причина в скорости. Фактически, скорость настолько важна, что некоторые игровые движки, такие как движок Quake, на самом деле имеют предварительно сгенерированное и предварительно оптимизированное двоичное дерево как часть процесса построения карты.