Объявлены ли ваши каталоги ресурсов в Исходных папках в Eclipse?
Щелкните правой кнопкой мыши папку, выберите «Путь сборки» -> «Использовать как исходную папку». Затем повторите попытку экспорта.
В более долгосрочной перспективе вы действительно должны смотреть на инструмент для сборки, такой как maven или ant, он гораздо более гибок и менее зависим от Eclipse, поэтому изменения в конфигурации вашего проекта в Eclipse не повлияют финальная сборка так много.