Если вы используете phpinfo () на первой странице, вы увидите, что ваша переменная env (MY_VAR) указана не в поле «Environment», а в «Apache Environment» (если это веб-сервер, который вы используете) .
Таким образом, кажется, что "getenv" получает не только свои значения из среды, но и из среды Apache, которая (кажется) не наследуется при запуске чего-либо passthru.
В сценарии, выполненном passthru, я вижу только env. Переменные указаны в поле «Environment», поэтому оно соответствует.
Итак, для каждой переменной, которую вы хотите экспортировать в сценарий passthru, вы должны использовать:
putenv('MY_VAR ='.apache_getenv('MY_VAR'));
Легко сделать с массивом и циклом for.