Я бы очень нервничал из-за этого.
Хотя он может не сразу активно разрушать Subversion, Subversion предполагает, что он полностью контролирует все папки в хранилище и знает, что они все из себя представляют. Если какой-либо инструмент, сценарий или процесс выполняет какое-то общее действие для всех файлов, вы можете обнаружить, что ваши резервные копии искажены и / или хранилище повреждено.
И то, что это не сломает его в текущей версии, не означает, что это не вызовет проблем в следующей. Так что, в принципе - я бы на самом деле избегал этого, это делает все по-настоящему грязным.