Сам файл jar не важен, классы в нем есть. Я не помню, что было в websphere.jar, но есть большая вероятность, что то, что было сейчас в j2ee.jar. На самом деле, если ваш код не использует какие-либо специфичные для WebSphere расширения, есть большая вероятность, что j2ee.jar - единственный jar из WebSphere, который вам понадобится для компиляции.
Но вы должны быть в состоянии увидеть, на какие конкретные классы жалуются компиляторы, и, если необходимо, найти их, открыв файлы jar, например, WinZip.
(Имейте в виду, что более значительными изменениями являются изменения уровней спецификации J2EE и Servlet.)