Что-то вроде этого возможно?
>>> import hashlib
>>> hashes = (hashlib.md5(), hashlib.sha1())
>>> f = open('some_file', 'r')
>>> for line in f:
... for hash in hashes:
... hash.update(line)
...
>>> for hash in hashes:
... print hash.name, hash.hexdigest()
или цикл по f.read (1024) или что-то в этом роде, чтобы получить блоки фиксированной длины