Я предполагаю, что вы выполняете запрос DQL здесь.Невозможно использовать таблицы, которые не имеют связанных сущностей с запросами SQL.
Однако, вы можете запустить старый добрый SQL с
$q = Doctrine_Manager::getInstance()->getCurrentConnection();
$result = $q->execute("SELECT F.id FROM ficha as F JOIN ficha_has_tema FT ON FT.ficha_id = F.id WHERE FT.tema_id = ? GROUP BY F.id HAVING COUNT(F.id) > 1");
, как предложено в «Использование Raw SQL с Doctrine»
Или Doctrine Native SQL Support с чем-то вроде (никогда не пробовал лично, может потребоваться некоторая модификация)
$q = new Doctrine_RawSql();
$q->select("{F.id}")
->from("
From ficha as F
JOIN ficha_has_tema FT ON FT.ficha_id = F.id
WHERE FT.tema_id = ?
GROUP BY F.id
HAVING COUNT(F.id) > 1"
);
$result = $q->execute(array($tema_id));