Whit JDom
добавить URI к xmlns в корневом элементе
Namespace ns = Namespace.getNamespace("yourURI");
Element root = new Element("someName", ns);
добавить любое пространство имен
Namespace ns = Namespace.getNamespace("someName", "someValue");
Element yourElement = new Element("someName", ns);
root.addChild(yourElement);
Document doc = new Document(root);