Это связано с конфигурацией PHP.ini, если для метки pgsql.allow_persistent установлено значение true, тогда pg_close не закроет соединение, поскольку оно является постоянным, в противном случае, еслиВы устанавливаете его в false. pg_close закроет соединение.
В документации указано pg-pconnect :
pg_close() will not close persistent links generated by pg_pconnect()