Для отправки данных в разные части страницы рекомендуется использовать шаблоны, по крайней мере, для себя.
Например, файл страницы шаблона выглядит следующим образом
$this->load->view('tops/home1'); //header
$this->load->view($content);//main content(your login area)
$this->load->view('bottoms/main_home'); //footer
с контроллера
$data['content'] = 'home/home_content'; //this is the **main** part of your page
$this->load->view('template1', $data);
Чтобы включить ваш скрипт входа в систему, просто поместите файл входа в систему в корне (в созданную вами директорию) и включите его как обычный php include везде, где вы хотите. Как заметил Арен, использование Ифрама является древним и его следует избегать