Git не создает * .orig файлы. Он помечает только разделы в конфликтующем файле <<<< ... ==== ... >>>>
.
Какой инструмент вы используете? Вам придется отключить его там.
Но такие инструменты, как WinMerge, действительно создают эти файлы, но они автоматически обрабатывают и удаляют их, когда вы отмечаете файл как разрешенный в редакторе.