Netbeans поддерживает концепцию шаблонов кода - вы найдете возможность изменить шаблоны в разделе «Инструменты> Шаблоны». Отредактируйте шаблоны кода C ++ и вставьте новую строку в конце шаблонов. Затем, когда вы решите создать новый файл C ++, он будет использовать шаблон, который будет содержать нужную вам новую строку.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Ааа - просто прочитайте ваш вопрос правильно !!! DOH. Я удивлен, что форматирование удаляет строку, поскольку это не происходит в моем выбранном стиле (я использую стиль "NetBeans"), возможно, попробуйте другой - я не вижу опции для удаления пустых строк в список опций ... Кстати, я использую 7.0, так что не знаю, отличается ли он у вас. Вышеприведенный бит о шаблонах все еще остается для создания нового файла с новой строкой.