У меня была такая же проблема. Я не уверен, почему возникает конфликт, но если вы очистите кэш авторизации Subversion, он снова начнет работать.
Удалить следующую папку:
[документы и настройки] [ИД пользователя] \ Данные приложения \ Subversion \ auth
Папка \ auth будет перестроена при следующей аутентификации, и флажок «Сохранить аутентификацию» должен снова заработать.