Я бы порекомендовал размещать ваши модели в отдельных файлах, даже если это просто для целей организации кода.Создайте их как обычные модули узлов и экспортируйте схему.Импортируйте схему в ваш app.js и смоделируйте ее там:
var ModelSchema = require('models/model');
var model = mongoose.model('Model', ModelSchema);