Этого поведения я бы не ожидал (если я не понимаю вас).Системные свойства во время компиляции не должны сохраняться во время выполнения.
Я создал базовый проект maven, который просто распечатывает системные свойства, и он не содержит системных свойств, указанных в конфигурации плагина.
System.getProperties().getProperty("aKey")
возвращается null
во время выполнения, даже если плагин компилятора настроен так же, как ваш.
Какие-либо другие запущенные плагины, которые могут оказать влияние?Как вы получаете доступ к свойствам системы?