Не совсем рекомендуемое решение, но вы можете установить его для одного из них, а затем вручную отредактировать файл .classpath
вашего проекта, скопировать соответствующую часть и вставить его в другие элементы. Не намного проще, чем установить его для каждого отдельно.
Кроме того, если у вас есть доступ к исходным файлам, вы можете использовать их вместо файлов Jar, что обеспечит Javadocs.