Я сталкивался с подобной проблемой даже сейчас, используя Cordova. Разрешения WRITE_EXTERNAL_STORAGE, READ_PHONE_STATE и READ_EXTERNAL_STORAGE каким-то образом проникли в AndroidManifest.xml.
LocalStorage не обязательно создает эти разрешения, только иногда . Я не понял, когда, но я получал их всегда при использовании createjs framework. (Не уверен, что это какая-то причинность.)
Кажется, что есть больше нарушений ... В одном проекте мне удалось избавиться от этих разрешений, просто удалив их из AndroidManifest. По другому это не помогло, и они обновлялись после каждой сборки. Единственное, что «помогло», это полностью удалить localStorage из кода JS и переустановить платформу Android в проекте.