Раньше я получал ошибки от mysql, как и вы.
Я решил свои проблемы таким образом
- Преобразование во все таблицы myisam в InnoDB (вы можете найти "myisam vs InnoDB" на stackoverflow.com и в поисковых системах, чтобы выяснить, почему)
- Для получения максимальной производительности от MySQL используйте стороннюю программу MONyog
(MySQL Monitor and Advisor) и проверьте советы по производительности
Эти два шага спасли меня. Я надеюсь, что это вам тоже очень поможет.