Если выполнение SQL зависает, то либо база данных выполняет небольшую нагрузку, пытаясь выполнить ее, либо у вас есть блокировка изоляции для требуемых таблиц, вызванная другим подключением к базе данных из другого места.
Это почти наверняка не имеет ничего общего с Spring, но без дополнительной информации трудно сказать.