Перебрать массив ввода, получить идентификатор для каждого элемента, если идентификатор новый, сохранить идентификатор, если нет, выдать ошибку:
$filename = 'students.txt';
$array = file($filename, FILE_IGNORE_NEW_LINES);
$unique = array();
foreach($array as $line => $student)
{
$r = preg_match('/ (\d+)$/', $student, $matches);
if (!$r) continue;
list(,$id) = $matches;
if (isset($unique[$id]))
printf("Duplicate ID found (%d) in '%s' line %d.\n", $id, $student, $line);
else
$unique[$id] = 1;
}