Два подхода, о которых я думаю:
1) Один CALayer на точку
2) Один CALayer, рисующий все точки
Поскольку я использую акселерометр, все точки меняют цвет. Я использую таймер для обновления цветов и переопределил drawInContext для рисования текущего цвета (интерполяция двух цветов).