Я думаю, что если каждое приложение имеет свою собственную базу данных, вы должны использовать или SqlCe или SqlLite
Они представляют собой автономный, безсерверный, транзакционный механизм баз данных SQL с нулевой конфигурацией.
Так что вам не нужно устанавливать sql express на каждый компьютер.
Они используют подмножество tsql, и вы можете сделать почти то же самое, что sql server
Вы можете встроить файл в приложение со всей командой sql, чтобы создать базу данных, а затем выполнить ее при первом запуске приложения.
В любом случае вы можете распространять свое приложение с уже созданной и готовой к использованию базой данных: это всего лишь файл .sdf
Если вы думаете, что распространять свое приложение с помощью clickonce лучше, чем Sqlce, потому что clickonce распознает его формат файла и обрабатывает его во время обновлений приложения