Я только что посмотрел на пример в firebug, и он, кажется, добавляет "_p"
к концу идентификатора вашего div.
Так что это будет работать
$("#assign_subjects").jqpopup_open("OpenDivforAssign");
//set the top left postion of the popup
$("#assign_subjects_p").css({top:'100px', left:'800px'});
В противном случае этот плагин поддерживает только toTop () и toCenter (). Я бы порекомендовал использовать плагин, который дает вам большую гибкость, такой как диалог jquery ui вместо этого.