То, что мы делаем (может быть более понятный способ), - у нас есть класс, реализующий IWantToRunAtStartup. Мы даем этому классу свойство IBus, которое инициализируется контейнером DI, встроенным в NServiceBus.
Затем мы создаем наш класс веб-службы (тот, который имеет атрибут ServiceBehavior), передавая экземпляр IBus из класса запуска. Затем мы создаем экземпляр нашего ServiceHost из этого экземпляра.
Чувствуется немного глупо, но у нас не было никаких проблем с этим. Надеюсь, это поможет.