Существует один индекс на индексированный класс (иерархия классов), и нет никакого шардинга индекса Lucene. Способ решения вашей проблемы Lucene заключается в использовании фильтра, который отфильтровывает все результаты, которые не принадлежат определенному пользователю. Посмотрите SecurityFilter пример онлайн-поиска Hibernate.