Я только что прошел ту же проблему.Я предполагаю, что происходит то, что вы можете добавить природу Дерби в проект, но вы не сможете увидеть ее в свойствах БД.
Создайте новый проект, затем щелкните правой кнопкой мыши корневой каталог проекта и выберите «Добавить Derby Nature».После этого вы сможете работать с БД Derby, щелкнув правой кнопкой мыши по своему проекту и выбрав один из параметров в разделе «Apache Derby»