Вы можете скопировать сборку, содержащую общие функции, в папку bin и сослаться на нее в разделе <assemblies> в web.config. Теперь вы можете использовать его на страницах aspx. Но, честно говоря, это кажется извращенным способом изменить сайт ASP.NET. Обычно вы просто извлекаете исходный код из системы контроля версий, применяете необходимые модификации, регистрируетесь, собираете, отправляете на постановку, проверяете, отправляете на производство. Это то, как все должно быть сделано. Любая другая доставка в производственный процесс - это просто ... (нанесите любое оскорбление, какое захотите).