@ BoffinbraiN, POI мало поможет вам конвертировать документы Office в PDF.
Для этого можно использовать Apache FOP, но если вы хотите использовать FOP, сначала вам нужно конвертироватьдокумент Office в XSL-FO.
Здесь может помочь docx4j, поскольку он генерирует XSL-FO и использует FOP 1.0 для создания PDF.
Предполагается, что OutputStream os и загруженный WordprocessingMLPackagewordMLPackage:
PdfConversion c = new org.docx4j.convert.out.pdf.viaXSLFO.Conversion(wordMLPackage);
c.output(os);
См. далее пример docx4j CreatePdf.java.