Он обрабатывает PlotMarkers -> {1,2}
как маркер и размер, а не как два маркера:
In[137]:= ListPlot[{{1, 2, 3}, {4, 5, 6}}, PlotMarkers -> {1, 2}] // InputForm
Out[137]//InputForm=
Graphics[GraphicsComplex[{{1., 1.}, {2., 2.}, {3., 3.}, {1., 4.}, {2., 5.}, {3., 6.},
{1., 1.}, {2., 2.}, {3., 3.}, {1., 4.}, {2., 5.}, {3., 6.}},
{{{Hue[0.67, 0.6, 0.6], Inset[Style[1, FontSize -> 2], 7],
Inset[Style[1, FontSize -> 2], 8], Inset[Style[1, FontSize -> 2], 9]},
{Hue[0.9060679774997897, 0.6, 0.6], Inset[Style[1, FontSize -> 2], 10],
Inset[Style[1, FontSize -> 2], 11], Inset[Style[1, FontSize -> 2], 12]}, {}}}],
{AspectRatio -> GoldenRatio^(-1), Axes -> True, AxesOrigin -> {0, 0},
PlotRange -> {{0, 3.}, {0, 6.}}, PlotRangeClipping -> True,
PlotRangePadding -> {Scaled[0.02], Scaled[0.02]}}]