Там действительно нет необходимости переименовывать его. Просто объедините или измените ваши новые изменения в MASTER на master, затем удалите ветку MASTER.
git merge master MASTER добавит коммит слияния к master вместе с историей отдельных коммитов.
Если вы хотите сделать ребаз, используйте git rebase master MASTER.
После любого из них запустите git branch -d MASTER, чтобы удалить локальную ветвь MASTER. Чтобы удалить удаленную ветку, запустите git push origin :MASTER ( через эту страницу ). И не забудьте потом подтолкнуть его к происхождению.
Редактировать Если вы действительно хотите переименовать его, например, если вы поддерживаете ссылки на ветки тем, удалите удаленную ветку, переименуйте ее локально, используя git branch -M MASTER foobar, и отправьте ее на удаленный.