Трудно сказать много, не видя ваш код (и, возможно, конфигурацию cron), но я предполагаю, что вы либо дважды вызываете функцию в своей программе, не осознавая этого, либо конфигурация cron вызывая запуск программы дважды
Вы можете попытаться вывести PID с помощью функции getmypid()
в разных местах в двух битах кода PHP; это поможет вам определить, какой процесс вызывал каждый вызов функции, и, вероятно, поможет вам увидеть, какой из приведенных выше сценариев (или что-то совершенно другое) действительно происходит.