Я знаю, что это было давно, но если кто-то еще наткнется на это ...
Если вы только просматриваете различия и не используете их в коде, см. Пакет diffr.
install.packages("diffr")
library(diffr)
diffr("file1.txt", "file2.txt", contextSize = 0, minJumpSize = 500)
Показывает общее содержимое обоих файлов рядом с различиями, выделенными в RStudio Viewer.