Кажется, работает, если вы заставляете описание скрываться во время перехода:
$(document).ready(function() {
/* Hide descriptions. */
$('.description').fadeTo(0, 0);
/* Show descriptions on hover. */
$('.description').hover(
function() { $(this).fadeTo(400, 1); },
function() { $(this).fadeTo(400, 0); }
);
$('#slider').after('<div id="pager">').cycle({
fx: 'fade',
timeout: 5000,
speed: 700,
pager: '#pager',
pause: 1,
cleartypeNoBg: true,
before: function() { $('.description').css('display', 'none'); },
after: function() { $('.description').css('display', 'block'); }
});
});