Вы можете иметь несколько полей ввода файлов:
<input type="file" name="file1" />
<input type="file" name="file2" />
etc...
или
<input type="file" name="file[]" />
<input type="file" name="file[]" />
Они могут быть созданы динамически с помощью Javascript или заранее созданы с сервера.В любом случае вы загружаете несколько файлов, но только один файл для каждого поля ввода.
Первый вариант будет работать как положено.Вы получите одну запись массива $ _FILES на файл в PHP.Другая опция, с обозначением массива, работает немного нелогично.Вы получаете что-то похожее на
$_FILES = array(
'file' => array(
'name' => array(
0 => 'name of first file',
1 => 'name of second file
),
'type => array(
0 => 'mime type of first file',
1 => 'mime type of second file',
etc....