I THINK это будет делать то, что вы хотите:
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteRule ^(.*?)/(.*?)$ http://$1.mydomain.com/$2
В таком виде он будет перенаправлять КАЖДЫЙ запрос, который идет в подпапку, поэтому, если вы ссылаетесь на изображения или CSS, находящиеся в подпапке, он также переписывает их, если вы хотите перечислить только определенные вещи, которые вы могли бы использовать
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteRule ^(blog|store|other)/(.*?)$ http://$1.mydomain.com/$2
Это будет перенаправлять только mydomain.com/blog/ mydomain.com/store/ и mydomain.com/other/